Томпонский район был образован 20 мая 1931 года из четырёх наслегов: Таттинского, Верхоянского и двух наслегов Оймяконского района. По своему географическому положению, по составу населения эти наслеги должны были образовать вновь созданный национальный район[источник не указан 3083 дня], где основным населением были эвены, которые вели кочевой образ жизни, занимались оленеводством и охотой.
В 1954 году центр района был перенесён из села Крест-Хальджай в пгт Хандыга
